Здравствуйте, я могу как вариант вам посоветовать почитать про раздельный учет в 1с для предприятий ГОЗ вот тут https://rugoz.ru/1c-goz . Нет конкретного шаблона настроек для ведения учета ГОЗ в 1С, все зависит от версии программы. Это могут сделать специалисты совместно с бухгалтерией, которая ведет учет гособоронзаказа в 1С и обладает знаниями в этой области.